II est créé au sein du FAPP une structure chargée de l'audit interne rattachée au conseil d'administration.

L’auditeur interne est recruté par le conseil d’administration du FAPP.

Le rapport d’audit annuel produit par l’auditeur interne est soumis au conseil d’administration pour adoption.

Le FAPP est soumis au contrôle et à l’inspection des différents corps de l’Etat habilités à cet effet. Notamment, il s’agit :

• l’autorité supérieure de contrôle d’Etat ;
• l’inspection générale des finances ;
• l’inspection générale du trésor ;
• les structures de supervision des fonds nationaux de la tutelle financière ;
• les corps de contrôle des départements ministériels de tutelle.